O Mestrado Profissional em Defesa Sanitária Vegetal concentra suas pesquisas em Defesa Sanitária Vegetal com projetos abrangentes que abrigam subprojetos diversos dentro do tema. Os principais projetos macros em andamento são:
a) Epidemiologia e resistência do cafeeiro à ferrugem;
b) Impacto de compostos usados na defesa sanitária vegetal em ecossistemas naturais e agrícolas;
c) Inovação tecnológica para a defesa sanitária vegetal;
d) Interações planta-praga: aspectos moleculares e biotecnológicos aplicados à agricultura; e) Epidemiologia e modelagem de doenças de plantas;
f) Manejo agroecológico de pragas;
g) Manejos de ácaros e insetos pragas em agroecossistemas;
h) Métodos alternativos de controle de doenças de plantas;
i) Pesquisa em defesa sanitária vegetal;
j) Planta daninha;
k) Prevenção de entrada e manejo de pragas quarentenárias no Brasil e l) Restrições externas e internas ao comércio de produtos agrícolas.